Le prime citazioni che testimoniano la coltivazione della cipolla sui terreni tra Zapponeta e Barletta risalgono al 1727. Si tratta dei contratti di affitto per le “arene morte e nude d'erba ad uso di orto per piantare meloni, cipolle ed altri frutti, site e poste nel feudo di esso signor d. Giulio, detto di Zapponeta, et proprio al Terzo di Rigoli […]” (De Vita, 2001).
Dall'Onciario di Barletta, redatto nel 1754 si rileva che “ …Giovanni Maria Campitelli….. è proprietario della difesa, una striscia di terra, stretta tra lago e mare, erbaggiale ed arenosa di arene ortalizie fruttifere, che dalla contrada Orno arriva fino a Zapponeta. In essa si producono soprattutto cipolle e melloni” (Russo, 2001).

Nel 1769 Francesco Paolo De Leon nel suo manoscritto “Istoria di quanto a Barletta particolarmente si appartiene” parla degli “arenali” a nord-ovest di Barletta, “lungo il lido dal mare fino a Torre Rivoli” e dice che “oggidì non vi si piantano che legumi, melloni e cipolle, le più belle e le più grandi della provincia”.

Nel 1785, nel manoscritto “Memoria per lo signor Conte di Chiaromonte sullo stato del lago Salpi” ad opera di un autore anonimo, si fa riferimento agli “.. abitatori delle non poche pagliaja applicati alla coltivazione de’ melloni e delle cipolle su quella lista di terra tra ‘l mare ed il lago…”.
Nel 1931 viene pubblicata una “Guida Gastronomica d'Italia” dal Touring Club Italiano. Nel capitolo dedicato alla Puglia, la guida cita come tipici della regione “i cetrioli e le grosse cipolle degli arenili tra Barletta e Margherita di Savoia… ” (Pensato e Russo, 2005).
Nel 1929 il Viani nel suo trattato di orticoltura, parlando delle cipolle bianche coltivate in Italia, distingue la cipolla bianca Margherita di Savoia dall’ecotipo affine della cipolla bianca precocissima di Barletta.
Quest’ultima viene caratterizzata per le dimensioni più piccole dei bulbi di 2-3 cm (Viani, 1929). Questa citazione del Viani rappresenta una fonte certa che testimonia come già agli inizi del secolo scorso la Cipolla Bianca di Margherita fosse un ecotipo ben distinto e noto a livello nazionale e che il nome del marchio IGP fosse già in uso in quegli anni. L’opera di bonifica ha incluso l'assegnazione di terre melmose a eroici, coraggiosi

e tenaci contadini di Zapponeta e di Margherita di Savoia che hanno svolto i primi lavori di bonifica per colmata delle zone paludose del lago Salpi, prelevando il materiale sabbioso dalle dune marine che è stato trasportato con carri, carriole e anche a spalla.

Questo lavoro è stato completato durante il secondo dopoguerra e ha visto la distribuzione definitiva di almeno 60 cm di sabbia letamata su circa 10 cm di acqua salata affiorante.
Inizialmente la zona sistemata è stata limitata a qualche decina di metri dalla duna; in seguito, con l'impiego di carretti, la fascia è stata estesa fino a sottrarre alla palude circa 1000 metri dal cordone dunale. Prima che
un ‘arenile’ potesse diventare coltivabile è stato necessario attendere tre-quattro anni affinché le piogge operassero il dilavamento dei sali in eccesso.

La produzione della Cipolla bianca di Margherita si basa sulla coltivazione dei 3-4 ecotipi di una varietà locale di cipolla che nel corso degli anni generazioni di contadini hanno selezionato per la loro diversa precocità. Inserite nel Disciplinare IGP troviamo le selezioni ‘Marzaiola’ o ‘Aprilatica’, ‘Maggiaiola’, ‘Giugnese’ e ‘Lugliatica’ che si distinguono per l’epoca di maturazione e per la forma dei bulbi. Le selezioni più precoci (epoca di raccolta a partire da metà marzo)  hanno bulbo piatto, la forma diventa  meno schiacciata per la selezione che viene raccolta a maggio e isodimetrica  per quelle più tardive. In passato coltivata diffusamente come le prime, la selezione ‘Agostana’ è ormai coltivata soltanto per l’autoconsumo da pochi agricoltori. Poiché è molto tardiva il prodotto di questa selezione incontra notevole concorrenza sui mercati.

Dai bulbi appena raccolti gli agricoltori provvedono a selezionarne alcuni per forma, grandezza e sanità che saranno utilizzati per la produzione dei semi. Così per ciascuna selezione ogni agricoltore conserva un certo numero di bulbi da cui ricaverà i semi sufficienti per il proprio fabbisogno. I bulbi sono conservati per alcune settimane in luoghi protetti e ventilati, o in celle frigo, per essere poi impiantati in fine estate-autunno su aree che gli agricoltori riservano per la coltura da seme. I bulbi emettono foglie e, successivamente in primavera, diversi steli che portano alla sommità una grande infiorescenza globosa da cui saranno ottenuti i semi necessari per i nuovi impianti. La autopropagazione in azienda è una fase essenziale in tutto il processo di produzione di questa cipolla. Essa viene ripetuta da molteplici generazioni, ha comportato il mantenimento di questa varietà locale e la selezione dei diversi ecotipi.

Per la produzione di questa varietà locale di cipolla è necessario provvedere alla sua autopropagazione. Ciascun agricoltore dunque provvede presso la propria azienda all’impianto di una coltura da seme a partire da bulbi selezionati durante la raccolta delle singole selezioni. I semi ottenuti sono abitualmente utilizzati per la produzione aziendale di piantine in semenzaio per il trapianto manuale a radice nuda. Così come il trapianto, anche la raccolta è eseguita manualmente. L'esecuzione manuale di entrambe le operazioni è facilitata dalla natura sabbiosa dei terreni, tuttavia essa incide molto sui costi di produzione. L'introduzione della meccanizzazione del trapianto e della raccolta è uno degli obiettivi del progetto.

La cipolla è pronta per la raccolta quando le piante raggiungono la maturità e cessano di produrre nuove foglie e radici. Le foglie perdono acqua, si piegano ed infine seccano del tutto. La maturazione generalmente non è contemporanea per cui la raccolta può iniziare quando il 50-70% delle piante presenta le foglie incurvate. I bulbi giungono a maturazione nel periodo che va dalla metà di aprile alla metà di luglio in funzione della selezione varietale utilizzata. La raccolta è effettuata a mano. Quando le condizioni meteorologiche lo consentono, le cipolle dopo la raccolta, possono essere fatte asciugare lasciandole per alcune ore all'azione dei raggi solari, disponendole in andane sul campo prima di essere trasportate in magazzino.